มีบทบาทในการบำบัดรักษาอวัยวะส่วนที่อยู่ลึก ๆ เพราะความร้อนตื้นที่ได้จากการประคบด้วยความร้อนกระเป๋าน้ำร้อนการจุ่มลงในถังพาราฟินร้อนและความร้อนจากหลอดอินฟราเรดไม่สามารถเข้าไปลึก ๆ ได้เพราะความร้อนที่แผ่มาถึงผิวหนังบางส่วนก็สะท้อนกลับไปบางส่วนก็ถูกพาไปโดยอากาศที่ถ่ายเทผ่านส่วนนั้นและไอน้ำที่บริเวณนั้นก็พาความร้อนไปด้วยความร้อนที่เหลืออยู่ก็จะผ่านเข้าไปยังส่วนลึกด้วยการผ่านลงไปในไขมันซึ่งเป็นชั้นที่คั่นระหว่างผิวหนังกับอวัยวะต่าง ๆ ชั้นไขมันนี้เป็นสื่อความร้อนที่ไม่ดีจึงขัดขวางความร้อนที่ผ่านเข้าไปให้ช้าและน้อยลงขณะเดียวกันในทุกชั้นที่ผ่านเข้าไปจะมีหลอดเลือดซึ่งมีกระแสโลหิตไหลผ่านอยู่ตลอดเวลา พาเอาความร้อนที่ผ่านไปบริเวณนั้นไปยังส่วนอื่น ๆ ของร่างกายตลอดเวลาทำให้ปริมาณความร้อนที่เข้าไปในส่วนลึกไม่เพียงพอสำหรับการรักษา
ดังนั้นเครื่องกำเนิดความร้อนลึกจึงถูกค้นคว้าและนำมาใช้มีอยู่ 3 แบบ คือ เครื่องกำเนิดความร้อนลึกด้วยคลื่นวิทยุชนิดความถี่สูงมากในย่านไมโครเวฟในย่านคลื่นสั้นและเครื่องกำเนิดอัลตราโซนิก เครื่องกำเนิดความร้อนลึกด้วยคลื่นวิทยุมีการทำงานเช่นเดียวกับเครื่องส่งคลื่นพาหะของวิทยุทั่วไป
สำหรับชนิดความถี่สูงมากในย่านไมโครเวฟจะกำเนิดความถี่วิทยุถึง 2,450 เมกะเฮิรตซ์ (megahertz) ด้วยกำลังส่งออกอากาศที่ปรับความแรงได้ถึง 250 วัตต์ คลื่นวิทยุที่ส่งออกมาจะถูกบังคับให้พุ่งออกเป็นเส้นตรงคล้ายไฟฉายแล้วส่องคลื่นวิทยุนี้ไปยังส่วนที่ต้องการรักษาด้วยความร้อนพลังงานของคลื่นวิทยุก็จะถูกเปลี่ยนเป็นความร้อนในเนื้อเยื่อที่คลื่นวิทยุผ่านเข้าไป
สำหรับเครื่องกำเนิดความร้อนโดยคลื่นวิทยุชนิดย่านคลื่นสั้นจะกำเนิดความถี่วิทยุ 27 เมกะเฮิรตซ์ ปรับความแรงได้สูงขึ้น 600 วัตต์ คลื่นวิทยุจะถูกส่งออกมาจากแผ่นโลหะ 2 แผ่น ซึ่งหุ้มด้วยยางไว้ เพื่อป้องกันกระแสไฟฟ้ารั่วเป็นอย่างดีเมื่อนำเอาแผ่นทั้งสองไปวางยังส่วนของอวัยวะที่ต้องการพลังงานของคลื่นวิทยุก็จะถูกเปลี่ยนเป็นความร้อนในเนื้อเยื่อที่อยู่ระหว่างแผ่นสายอากาศทั้งสอง
สำหรับเครื่องอัลตราโซนิกจะมีหลักการคล้ายกัน คือ เป็นเครื่องกำเนิดความถี่อัลตราโซนิกจะให้คลื่นไฟฟ้าความถี่สูง 1 เมกะเฮิรตซ์ ไปยังก้อนแร่ควอตซ์ทำให้มีการขยายตัวและหดตัวของก้อนแร่นี้ เมื่อต้องการให้ความร้อนแก่ส่วนใดส่วนหนึ่งของร่างกายก็ใช้หัวที่บรรจุก้อนแร่จ่อให้แนบกับส่วนนั้น ๆ โดยใช้สื่อในการนำคลื่นเสียงเข้าไปในร่างกายด้วยการทาบริเวณนั้นด้วยน้ำมันหรือสารที่เป็นตัวกลางทำให้การสัมผัสได้แนบสนิทและถ่ายทอดพลังงานได้เต็มที่พร้อมกับการถูหัวบรรจุก้อนแร่ไปรอบ ๆ ตำแหน่งที่ต้องการเครื่องนี้สามารถปรับความแรงที่ออกมาได้สูงถึง 3 วัตต์ ต่อตารางเซนติเมตรของหัวบรรจุก้อนแร่พลังงานคลื่นเสียงจะถูกเปลี่ยนเป็นพลังงานความร้อนในส่วนลึกของร่างกายได้ลึกที่สุดในกลุ่มเครื่องให้ความร้อนลึกและยังมีผลดีในการรักษาการติดยึดของข้อต่าง ๆ ดีกว่าการใช้อุปกรณ์อื่น ๆ ในการให้ความร้อนอีกด้วย